十三科是中国古代医学分科的合称。
元代及明代的大部分时期，太医院都将医学分为十三科。元代的十三科为：大方脉、杂医、小方脉、风、产、眼、口齿、咽喉、正骨、金疮肿、针灸、祝由、禁。并规定：诸医人于十三科内，不能精通一科者不得行医。”
明代医学十三科为：大方脉、小方脉、妇人、疮疡、针灸、眼科、口齿、咽喉、接骨、伤寒、金镞、按摩、祝由。隆庆五年（公元1571年）十三科又改作十一科。
最早将医学分为十三科可追溯至北宋熙宁九年（公元1076年）。此时的十三科为：大方脉、风科、小方脉、针、灸、口齿、咽喉、眼、耳、疮肿、伤折、金疮、书禁。元丰改制后又在嘉祐九科之基础上进行调整仍为九科。因此北宋时医学划分为十三科为时甚暂。
各科详解：
大方脉，指专治成人内科疾病的一科，相当於现在的内科。
小方脉科，是幼科的别称，专治小儿疾病，相当于现在的小儿科。唐代已有少小科，宋代开始，儿科称为小方脉。宋以后，元、明、清太医院中均设有小方脉科。
妇人科，是指治疗妇女病的专科，又称“女科”，相当於现在的妇产科。
风科，范围包括各种因“风”邪所致的疾病。宋代设风科仅次於大方脉，有学生八十人。
正骨科，是诊治损伤的专科，亦有称为伤科或骨伤科的，是指用推、拽、按、捺等手法治疗外力作用所致的骨、关节和软组织的损伤，但也包括同类原因引致的体内脏器损伤。
金镞科，是指专门治疗刀、枪、箭伤等战伤的一门科学。
金疮科，也是指治疗刀斧利刃之物所伤的医科。
产科，主治胎前、产后及妇科诸症。
眼科，主治眼病及时疫眼病。
口齿科，主治牙痛、骨鲠及喉科诸症。
伤折科，主治跌打压伤及诸虫兽伤。
疮肿科，主治恶疮、癞疥、无名肿毒等。
祝由科，古代用祝说病由的迷信方法以治疗疾病者叫做祝由。“祝”者，咒也；“由”者，病的原由也。祝说，就是装出一副能通鬼神之事的模样，祝祷鬼神消灾免难，解除病人的疾病痛苦。或称咒禁科。也包括使用中草药在内的借符咒禁禳来治疗疾病等方法。
书禁科，主治镇邪、驱鬼、辟毒、截症等。
