明代的军事体系集历代之大成，试图通过卫所屯田、转变中央与地方的军事领导体制，树立新的指导思想，应用西方新型的军事技术等种种方式，以确保国家的长治久安。明王朝庞大复杂的军事体系，在长时间地运行和转变之后，积累了愈来愈多的顽疾，成为影响明王朝灭亡的核心因素。从明朝中期开始，较为完善的军事体系在国家内外交困的环境下愈来愈显得弊端重重。
朱元璋
明代税收不断增加，财政支出及贪官搜刮却有增无已，公款吃喝、送礼之风甚嚣尘上。明王朝虽然极力科派与搜刮，却没有改善中央的财政状况，科敛的财富不是弥于边费，便是耗于上下的腐败(浪费、奢侈、中饱私囊等)。明朝中后期，太仓银库赤字非常严重，各个时期赤字的数额分别为，正德时期351万两，嘉靖七年111万两，隆庆元年345万两。万历前期收支暂时平衡，万历后期再度亏空。三饷加派实行后，将近200。万两的负担又加在了中、小土地所有者身上(万历九年以后天下赋税总额本为1461万两)，这就使得许多人失去了衣食之源。再加上多年来累于边晌、藩傣之供的北方诸省(宗室多封于北方)又连遭大旱，使这些地区的怨兵饥民等揭杆而起，汇成了反明大起义的滚滚洪流，明王朝也终于被这股洪流所淹没。
魏忠贤
宦官制度的弊端也逐渐凸显:1.宦官机构庞大。在朱元璋设立的宦官制度的基础上从九监、二库、六局扩展成为二十四衙门——二监、四司、八局。2.人员膨胀。从洪武时期的数百人膨胀到明末的数万之众。甚至有文献说“宫女九千人，内监至十万人”。3.宦官势力渗透到明帝国经济、政治的方方面面。不仅在朝廷中手握重权，随心所欲，而且在各地更有无数守备太监、镇守太监等。太监势力还深入到财税和经济领域，掠取财富。同时，主宰东厂、西厂等特务机构残酷迫害正义人士和普通民众。难怪万历时期的大学士、首辅朱赓说:“今日政权不由内阁，尽移于司礼。”
崇祯皇帝
官僚队伍的尸位素餐和整体腐败。尽管明中后期也有像海瑞、戚继光、张居正那样以天下为己任的官员，但总体说来，早在天顺时官员们就已经普遍是“不求做好人，只求做好官”，所谓“只求做好官”，并非要把官做好，而是指谋求担任“好官职”以及与此相联系的荣华富贵！至于国计民生，甚至自身职守，全然不计在心。嘉靖时归有光也如此记述当时的官风：“日夜孜孜，惟恐囊槖之不厚、迁转之不亟、交结承奉之不至；书问繁于吏牒，馈送急于官赋，拜谒勤于职守；其始羸然一书生耳，才释褐而百物之资可立具！此何从而得之哉！”试想，这样的统治队伍，这样的官风，哪里还会有民生的位置！哪里还会有国家的前途！
当然，之所以形成皇权和官僚队伍整体腐败的局面从根本上说，又是专制官僚体制自身缺乏甚至没有自下而上的有效监督和制约机制造成的。
