孔庙在中国古代可分为本庙与学庙两大系统。本庙即曲阜孔庙，为孔族、孔门弟子或后世学人及当地官员共同奉祀，具祖庙性质。曲阜本庙自周敬王四十一年(前479年)首立于世，相沿至今近2500年。曲阜孔庙立庙最早，历史最久，建制最为完备。
学庙即历代都城及地方城市官方学校所立孔庙。都城孔庙往往与京城兴废相始终，一般规模较大，规格较高，突出主体殿堂，少有附属建筑，由太学或国子监主管官员及师生奉祀，皇帝或皇太子及各级官吏亦往之致祭。
“庙学合一”的雏形早已出现，其源头可能是曹魏黄初二年(221年)“议郎孔羡为宗圣侯，邑百户，奉孔子祀，令鲁郡修起旧庙，置百户吏卒以守韂之，又于其外广为室屋以居学者”的阙里孔庙的家庙、学校一体。再历以东晋建康国学夫子堂的建立为发韧的都城庙学制的形成，地方学校立孔庙逐渐发展，经北魏地方郡国学校教育制度的创立，北齐令地方学校皆设孔颜庙，最终定型于唐代。
唐太宗贞观四年(630年)诏“州、县学皆作孔子庙”，凸显了普及地方孔庙的官方意旨。原则上百姓不得任立孔庙，且祀礼位列国家大典，亦反映了孔庙的政治权威性。孔庙建筑于学校，明确了二者并立的不可分割，即所谓“庙学制”的真正确定和推行，诚如北宋大中祥符三年(1010年)真宗所言：“讲学道义，贵近庙庭”孔庙是学校的信仰中心，学校是孔庙的存在依据。
一、相地择址
孔庙兴建之基址选择不外乎二种：因城市其他旧有建筑或拆其材为之；新址新建，原有孔庙的迁建亦与此类同。前者涉及到城市中正在使用或废弃的多种建筑类型，如佛寺、道观、驿站、官舍、城隍庙、仓库等。其共同特点在于原有建筑较为恢宏，基址较为广大，符合孔庙多重功能(祭祀、教育、生活等)开展的条件，且以寺观为最。亦有流传至今者，如河北正定、山西平遥的文庙大成殿，原本皆为佛殿。
云南楚雄文庙与城市文运风水
(底图引自：《宣统楚雄县志》卷三《建置·城池》“城池图”)
新基的选择，则非随意为之。以《天一阁藏明代方志选刊》及《续编》进行统计，显示孔庙选址以东最甚，次之为东南、西，再次乃处于一个数级的南、东北、北、西南，而西北最少。再将之按不同的省份归纳，地域的差异并未明显地波及庙学选址的趋同。
据《周易》“说卦”编，八卦之图有二：(1)乾坤居南北，离坎居东西，所谓乾坤纵而六子横，易之本也。(2)离坎居南北，震兑居东西，所谓震兑横而六卦纵，易之用也。(宋)邵雍认为文王作易，前者应天之时，后者应地之方，故阴阳风水家皆取后者为用。孔庙选址的数据表明，位于东方或东南方并不是偶然的现象，较受控于所谓后天八卦的意识形态影响。如明时陕西韩城的祠庙布局即与阴阳五行中的礼象五形理论甚为吻合：“至圣先师孔子则庙于邑之震域，风云雷雨则坛于邑之巽域，社稷则坛于邑之乾域，邑历则坛于邑之坎域，城隍则庙于邑之艮域。”
宋以降，风水阴阳说已大行其道，此后的孔庙选址现象不出时代背景，而此前的状况如何？检阅史料，虽明确记载方位者不多，但“文明之方”的用词颇为频繁。“凡泮宫多居治廨之东南，其取文明之方乎？”其义甚明，不仅解释了“文明之方”的所在，亦证之古时确有将无形的吏治系统以选址的方式，坚实地投影于城市的构成空间。
宋以后往往将地方科举的兴盛与否归咎于孔庙选址，为振兴“文运”，常“人谋龟筮”、“考诸阴阳家者之说”另择吉地。既然各处地形地貌不一，基于不同流派和个人色彩的风水蛊惑就更加“见仁见智”了。如宋时漳州儒生对“阴阳家者流，拘而多忌，每耻言之”，然“自有龟筮以来，则有相方面势之宜。盘庚迁都，周公营洛，皆其事也”，何以“独于漳学而疑之”？盖因“唐有周几本先生者，读书于州南天城山之高峰，其后收元和丙申年科第，所谓三十三人同得仙者。时君贤之，封天城山为名第山。然则漳之儒学，蝉联不绝，盖有端绪，夫以周先生破天荒为儒学唱”。
当然，孔庙的选址或迁址不可能一味地顾及所谓“文明之方”的全局性因素，而对变化繁复的地方状况置若罔闻，诸如城市地理、孔庙周边环境、行政区划等级变动等，皆会影响之，如：
(1)城市地形的影响，或依山麓走势，或困于卑下湫隘而迁往爽垲，或为交通便利。又或是借城中河湖之活水，孔庙一般建在河渠之北，南侧河流恰好与庙中泮池沟通，抑或直接借河为泮。
(2)若邻近市场或民居密集区，其“喧嚣混淆”不仅“失夫古人处士于燕闲之义”14，且不利孔庙的肃静气氛和教学的进行。
(3)其他的城市职能建筑的迫近遮挡，或移之，或迁孔庙。
且诸般因素，往往叠加施与。如徽州府文庙，自唐至宋“在城之东北隅”，太平兴国三年(978年)、熙宁四年(1071年)两迁于乌聊山，“山高地狭，不足以容众；”嘉祐四年(1059年)、元祐元年(1086年)两迁于南园，“濒江地卑，常有泛滥之患；”绍圣二年(1095年)复迁“东北隅，既足以容众，且无水患，盖其势不得不迁，非好异也。新学据山川形势之胜，得阴阳向背之宜，自今以往，取高科、登显仕者比比相望”；几乎遭遇了以上陈列的所有牵制。
概括而言，孔庙择址的所谓风水考量是较为朴素的，不似诸如阳(阴)宅堪舆中的众多忌讳或讲究，回溯风水本源《周易》即明：“万物出乎震，震，东方也。齐乎巽，巽，东南也。齐也者，言万物之絜齐也。离也者，明也。万物皆相见，南方之卦也。圣人南面而听天下，向明而治，盖取诸此也。”亦可视为孔庙选址的理论注脚。或征诸《礼记》，则“独记小学在公宫南之左，大学在郊，与今京师郡国建学之方无所乖戾。然则位必东南，理无疑矣”。小至县城，“亦国也，子男之制，其可忽哉？”
对于尚未形成科学世界观的古代社会，将孔庙定位在朝气蓬勃的日出之向，或是山环水绕的优雅之境，恰是古人真诚愿景的付诸方式。
二、孔庙布局方式的演变
地方孔庙的“庙学合一”，决定了其布局方式必然围绕祭祀功能的“庙”和教学功能的“学”展开。因于城市等级和所处的环境不同，地方孔庙在建造过程中，布局方式亦有所不同，体现出一定的时代特征。
1.布局方式的参照标准
孔庙的庙学布局方式几许？首先当明确参照标准，孔祥林先生对此已作必要的廓清，即“学校的主体是明伦堂，应该以明伦堂和文庙的位置关系来确定庙学的布局形式”。如此，则中国古代孔庙的庙学布局形式主要为三种：前庙后学，左庙右学，右庙左学。
虽有个别特殊者，则只能算作变形，孔氏亦作解读，为清晰便，笔者概其为五：
(1)云南建水一庙两学，看似“中庙旁学”，实则西为府学，东为县学，二学共用文庙，西安的一庙三学亦如之。
(2)天津亦为府、县学并立，府学在东、县学在西，二座文庙在中间，但庙各有专属，即府学左庙右学、县学右庙左学。
(3)部分庙学为追求对称，于庙两侧分别建明伦堂及训导署(宅)或教谕署(宅)，或是庙后建明伦堂，庙两侧分建署(宅)。
(4)庙两侧分别为学和书院或文昌祠等，如甘肃武威的原凉州府学东为文昌宫，但书院、文昌等并非国家礼制规定的学校组成部分。
(5)福建同安县学庙庭在中间，西为泮池、牌坊，东为明伦堂，原因为扩建文庙，因庙前城墙横列，无法前扩，遂西扩，但仍应视作右庙左学。
此外，特例尚有山西大同，明洪武八年(1375年)将原辽金西京国子监、元大同县学，改为大同府学，二十九年(1396年)以府学为代王府，而以云中驿改府学，大同县学则“与府学共”，却是罕见的“县前府后”格局，不过嘉靖十二年(1533年)兵焚后，即易为“左府右县”。
对照明地方孔庙布局，孔氏所论已囊括所有可能的特殊情况。有学者认为左庙右学、中庙旁学是广东地区孔庙的主要组合形态，所谓“中庙旁学”的依据为：南海学宫在清康熙间(1662～1722年)为左庙右学，至乾隆间(1736-1795年)建成以西学署、孝悌祠、乡贤祠为轴线的右路建筑群，遂成中庙旁学，且番禺、揭阳、顺德、长乐、新会、增城、澄海等地皆如之22。若论点成立，则庙学布局方式的变数就不是以个位数计算了，盖因忽略了庙、学各自组成的最核心要素乃为大成殿和讲堂。据之亦明，确定庙学布局方式的参照标准何其重要！
北京国子监孔庙前有南学，乃为清初扩大教学区加建使然，附属于原有左庙右学，非为前学后庙。不过，后者在朝鲜却比较常见，但似无定制。而日本古代学校的形制虽简单，但庙学布局关系却复杂多变，且大都学大庙小，庙多偏处一隅。除上述四种布局外(包括朝鲜的前学后庙)，尚有：庙学分立、中庙旁学、侧庙正学、正庙侧学、庙主学附、庙学一体、庙在学内、有学无庙(有祭孔仪式或无)等等，其自由度颇类似于中国古代书院设置的孔庙。日本不似朝鲜对于中国的附属关系，如科举的缺失，对孔圣的膜拜亦更具自主性，庙学布局游离于华夏制度的约束之外，即为一证。
引发笔者兴趣的是：孔祥林先生以荻藩明伦馆的“圣堂在中，西为文学，东为武学”例举日本的“中庙旁学”，那么，中国古代地方城市的武学设置，与孔庙关系如何，是否亦有“中庙旁学”的遗珠？
据唐玄宗开元十九年(731年)《立齐太公庙制》云：“宜令两京及天下诸州各置太公尚父庙一所，以张良配享。”可知武庙的建置地点在两京及诸州，不达于县，普及程度不及孔庙。且后世的武庙时兴时废，武学所附亦居无定所。
至南宋孝宗淳熙六年(1179年)有奏章略曰：“国家留意人才，文武并用，故有太学，有武学。今州郡莫不有学，起居饮食，月书季考，惟文士耳，习武举者一无所豫，甚失国家并用文武之意。乞诸路提学诏所属郡庠增辟一二斋，兼养武举之士。”上可其奏，但武学仅附于地方孔庙。如台州学，旧规“东则宗学，西则县学，后又由县学之左创经武一斋，寻废。”淳熙九年(1182年)“郡侯遵奉明诏，属有司相厥攸居，于是即经武之旧庐，拓旁吏舍而广之，设为二斋，左曰备文，右曰辅德，又于教官廨舍后隙地辟射圃，缔亭其上，榜曰立德，盖亦循其故址而锸筑蔇茨焉。会秋仲月，诸生应补者五十余人，采其文理之优者听入。月书季考，一如造士之法；讲肄射艺，旬日亦有常程。州郡选戎官之精贯武技者为之训导，给民没官之闲田以资其廪饩。”文武二学皆有讲堂，该学可能就是“中庙旁学”的格局。但关于此类文武学或其他多学(如算学、医学等)并立的记载甚为稀见，或在历史的断面中确有“中庙旁学”的存在，但也早已湮灭于时空的长河中。此外，山西平遥县学亦较为特殊，孔庙居中，左右为东学和西学。张亚祥先生认为“这种布局方式非常少见，是前庙后学向左庙右学过渡时期的产物”。
中国古代建筑的空间组成特点是水平延展，由多条纵向轴线组成，孔庙的庙学布局亦不例外。如果单纯从院落组合的视角考量，轴线可以无限扩展。但若基于庙学布局方式的参照标准，则统领空间的主轴线只有二种：庙学轴线(前庙后学)、庙轴线+学轴线(左庙右学、右庙左学)；而其他轴线仅为孔庙的辅助，且变数颇为可观。此点乃认知孔庙空间组成的基本，须作正听。
2.孔庙布局的时代特征
不过，目前有关孔庙布局的研究大多涉及现象分析，极少论其演变。庙学布局方式是否有制？不同方式之间是否有时代和地方的规律及特色可循？
笔者虽检得始建于宋以前的地方庙(学)142例，但仅知5例布局方式，皆为左庙右学，与唐长安国子监类同。宋时，则前庙后学的数量明显居多；同时期的辽、金，可知布局者仅检得15例，其中：前庙后学13例、左庙右学1例、右庙左学1例，与宋略同。再征诸以《天一阁藏明代方志选刊》及《续编》为基础的数据统计，前庙后学仍踞榜首，左学右庙略高于右庙左学。可能是囿于史料记载的缺乏或数据整理的繁琐，目前尚未见有关于孔庙布局方式的必要统计，笔者所得虽不代表全貌，但至少可窥三种庙学布局方式采用的大致概率，即前庙后学、左庙右学、右庙左学按降序排列，且前者遥遥领先。
今人对于明以前大量的前庙后学现象，已有较为敏感的触觉，如成一农先生认为：在时人心目中，庙的地位已占据主导，如在可能是唯一仅存的宋代庙学图——《景定建康志》府学图(前庙后学)中，庙的建筑绘制非常突出，相比之下学的相关建筑则显得局促，说明了二者的地位差异。再如刘章泽先生的观点为：可能不是出于礼制的考虑，而是庙学分离初期的最佳位置；朝鲜孔庙祀典源出于宋，其庙学布局亦应据宋，而朝鲜现存乡校均为前庙后学，可推宋制。
北宋雍熙间(984～985年)曲阜孔庙蓝本《文宣王庙阁》流出皇家，不仅为地方庙学修建提供了参照，也惠及周边国家。据朝鲜时代《太学志》载，早在统一新罗时期的圣德王十六年(717年)，使臣金守忠自唐回，“献文宣王十哲、七十二弟子画像，置于太学。”至高丽成宗二年(983年)，博士任成老自宋返，“献宋《文宣王庙图》一铺、《祭器图》一卷、《七十二贤赞记》一卷。”可知，朝鲜孔庙制度确据北宋为蓝本，但事实上朝鲜的庙学布局并不仅限于前庙后学。
曲阜“孔子旧宅，因庙建学，昉于魏之黄初，其间兴废不常”；北宋大中祥符三年(1010年)殿中丞公自牧奏“就庙侧创学”，真宗“当许于斋厅内说书”，乾兴元年(1022年)“于庙建学，请以杨光辅为讲书奉礼郎，始赐学田”35；再至金章宗明昌间(1190-1196年)，学之所在始见清晰，在庙宅东南部，东为教授厅，西为学堂。亦即曲阜孔庙仅可作为庙的建置依据，无关庙学布局。
北宋东京国子监孔庙、南宋临安太学孔庙的布局又分别为左庙右学、右庙左学，之间并无必然联系。曲阜、都城皆为地方孔庙最重要的参照系，却差异明显，使得推测地方孔庙布局方式不同的原因举步维艰。前举成、刘二氏推论皆有可取之处，再综合地方孔庙的建设说明——《学记》，似可寻得些许蛛丝马迹：
(1)即庙建学与城市用地的紧张
一个不易察觉的现象为，从已择出的宋时25例“前庙后学”，多数亦为“即庙建学”的代表，且原有孔庙大多临通衢而立。宋时地方城市的活跃和里坊制的瓦解，已为共识，城市中沿街用地的经济重要性不言而喻，此情状下，可想多数孔庙的两侧必不至于荒芜空旷，等待“学”的到来。而通常在繁华街市的背后尚会留有开发的余地，且环境较为幽深，亦利于教学的展开。如抚州“郡城东偏介通衢有夫子庙，庙之背有隙地，轮广余百丈”，北宋庆历五年(1045年)“由是因其面势建学”。其实若择敞址另建，庙学布局必然多样，不至逼仄，但地方上对于兴学诏令往往抱着有学即可的敷衍态度，如广州“郡守奉行苟且，即夫子庙以为之，而其制度迫陋，不足以容生徒”，沿街无地可用，只能偏安庙后了。不过，毕竟各地状况不一，如：安庆府学在南宋嘉定初(1208年-)“因阅武之地迫于学宫，徙置他所，而学之地始辟，……更创诸斋于所辟之地，而庙之制始严”；徽州“学之东旧为官积盐之区，旁多隙地，乃规以其处为殿，一切加宏丽焉。且为两庑三门，皆如今制，而易故殿为讲堂，故讲堂为直舍。……又为东西室于殿门外，以待朔旦及上下之行礼者”；二者皆为利用庙侧隙地建学，但虑及宋时地方城市的巨大活力，沿街闲地的出现概率不会太高。
(2)以建筑空间方位表现尊卑的参照不一
历代都城的庙学布局并未见之明确规定，在无制可循的情况下，地方上参照中央是可信的，即“仿京校取正焉”。如南宋建宁府学“右庙左学，前殿后阁，京邑制也”，即为模仿临安太学的右庙左学。且在南方地区有一定的受众，如广东地区最早立庙在北宋仁宗朝(1023～1063年)，但大发展却在南宋，并以右庙左学居多。亦有改作案例，如东莞县学“庙旧瞻之在前”，嘉定五年(1212年)“更置于学之西。”但同样是南宋的案例，临安府新城县学在嘉熙元年(1237年)得到改造后，“前殿后学，地别而庙尊，礼也。”不仅说明了地方上对于以建筑空间方位表现尊卑的理解各有不同，亦反证庙学布局并无定规，如元时袁州分宜县学为右庙左学，乃“用阴阳家言，面乙之位”，风水术士的所谓堪舆亦会影响庙学布局。除临安太学外，东晋建康国学亦为右庙左学，不过尚处于庙学制产生的萌芽阶段，不足以形成巨大的影响力，倒是左庙右学的布局方式多为历代都城所用。尤其元明以后，南京、北京国子监皆为左庙右学，可能是出于“左祖右社”礼制的考虑。教化本原，一正于上，天朝如是，四方岂有不风闻而动之理？如明清两代，皆见地方重修庙学时改前庙后学为左庙右学的案例，但仅能说明乃以都城为参照，不代表“左庙右学”的所谓定制。
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明大同府学文庙及祈祝文运建筑
概而论之，孔庙的庙学布局虽主要为三种，但其实并无定制，或参照都城，或因地之宜，或基于地方对尊卑表达方式的不同理解。清人对此已具真知：“其规制，各府州县大略皆同，或庙学有左右、前后不同者，则各因地便耳。”
但有一点必须明确，即孔庙作为儒学象征的崇高地位不容置疑，作为一地的精神领袖和教化代表，在庙学组合空间中的统领地位是至高无上的。因此，无论庙学布局方式如何变化，孔庙建设的空间原则都遵循：“文庙之建列在通衢，岂不焕然昭烁？”庙貌务必“森然伟观”，以使“过而望者，虽远而数十百里，咸知所敬仰”。
三、孔庙建筑配置及形制
一般而言，地方孔庙中“庙”的部分一般包括万仞宫墙、棂星门、泮池、大成门、大成殿、东西两庑、启圣祠(崇圣祠)、名宦祠、先贤祠等建筑；“学”的部分包括讲堂(明伦堂)、学斋、尊经阁等建筑，同时还附属有学舍、仓库、教官宿舍等；另有魁星亭、文昌阁之类的祈祝文运建筑。
1.建筑配置
宋时孔庙已演进为既相互依存、又有各自独立组成空间的建筑与院落系统，孔庙主体建筑为大成门、大成殿(“春秋合乐以致祭，朔望释菜以瞻拜”)、两庑等，学则为讲堂(“图古之儒服、礼器于其两壁”)、藏书楼等，其空间定位决定了孔庙的整体格局，其他各部分功能的秩序和层次的建立均以此类控制性建筑或空间为中心展开，如棂星门、泮池等组成的前导空间即为烘托孔庙气氛使然。
举例观之，如南宋的邵州学，初在“郡之左，治平四年改卜于郭门外溪水东。绍兴间(1131～1162年)徙入城，今贡院是也。乾道间(1165～1173年)复徙于郭外旧址，襟抱亏殊，风气宣泄，终不满人意”；且“郡博士廨舍且远距三四里，师弟子罕相接。梅潦断桥，舟不得渡，朔旦或废庙谒，春秋丁祭，守臣充献官不庙宿，皆非便”。后择址另建，为左庙右学的格局：庙经棂星门、由殿门而入，则两廊为壁，以绘从祀。中为大成殿，后为藏书阁。“学有重门，由东门而入，则两廊为斋，以处生徒。中为讲堂，后为直舍。钱有库，米有廪，庖池浴室毕具。”
尤为珍贵的是《景定建康志》的南宋建康府学布局图，提供了图像化阅读的可能，且在历来有关宋代或孔庙建筑的研究中出现频率极高：基本布局为前庙后学，空间层次多，序列丰富。释奠部分与讲堂，藏书楼等由一条中轴线贯穿，其左右可布置斋舍。最南有半璧池，池成半圆形，以栏杆环绕，池北道路东西向。路南，门三座，皆为乌头门形制，称前三门，相当于后世所称之棂星门。门内为一狭长院落，院内正中有仪门，五开间、单檐。仪门两侧门各一，与两座从祀所呈曲尺形围合。仪门内为大成殿，三开间、重檐，并左右挟屋。殿后为学，依次为单层明德堂，两层御书阁，阁下层为议道堂，乃师生集会讲论场所，阁北有一台。府学南北中轴线前后共四进院落。大成殿两侧为生员斋舍及办公场所，东序为说礼、进德、守中三斋，西序为兴贤、育材、由义三斋。议道堂两侧有正录、职事等办公用房及教授直舍。此外学仓、庖厨、客位等附属用房置于四周。教授厅在西围墙外，其后为射圃，建有绎志亭及射靶。生祠、土地庙、御书碑等散落其间，各就其位。另，半璧池西有舞雩亭一座，当为寓意孔子及弟子在教学之暇登临游憩之所。元大德四年(1300年)“庙学灾，惟存尊经阁及二教授厅，”七年(1303年)重建。格局基本延续南宋，只是增加了一些祠祀建筑，如土地祠等；大成殿扩为五间，规格更高。
《景定建康志》建康府学图
其他有关宋元时期地方孔庙布局的文献记录虽较为零散，但汇总后综观，基本的建筑配置乾纲已定。如教授厅的设置，乃因“讲堂者，利于群居而不利于燕居。使贤者退而与诸生杂处，惧学者之不安席也”。当应便利教师静处而益于教学，虽偶见远离学校者，但皆得到妥善的安置。前述绍州学即为一例，其他如吉州学、抚州学，亦然。
如此，宋元之际的地方孔庙已基本定型，观之时人的概括性表述，甚为明了，多样性的建筑配置恰是地方孔庙多重功能(祭祀、教学、生活等)的必然物质体现。以下为郭黛姮先生对宋代地方学校的总结归纳，亦可视作宋元时期地方孔庙的概况：
(1)祭奠先圣先师的“庙”：在宋代，不但在“庙”中要祭奠孔子，而且把祭奠范围扩大到孔子的弟子及一些儒学家，同时，还为一些对教育事业或办学的有功之臣，修筑祠堂，加以释奠。宋代学宫中的“庙”较唐代有了较大的变化，增加了东、西庑、光贤祠等“从祀”建筑，一般设有大成殿，大成门，东、西庑，先贤祠等，先贤祠多设在大成殿两侧的院落中。
山西灵石静升文庙
(2)存放皇帝诏书、御礼、御札的建筑：凡受过皇帝恩典的学校，皆有这类建筑。
(3)讲堂及学校办公厅堂：讲堂是学校中最核心的建筑，但数量随学校规模而定，少的只有一座，多的如东京太学“建讲书堂四”。临安太学有崇化堂、光尧石经之阁。临安宗学中属讲堂类的有明伦堂、立教堂、汲古堂等。临安医学讲堂为正纪堂。临安府学讲堂为养源堂。建康府学讲堂有明德堂、议道堂，堂的两侧有办公室，教授厅设在府学西围墙之外。
(4)斋舍：即生员宿舍。各校斋舍多少不等，大的学校如太学，可过二十斋。府学，县学，只有斋舍五、六幢，斋舍多布置在释奠及讲堂区两侧。
(5)谢圃：供学生习射箭或从事其他体育训练的场地。
(6)学校后勤事务用房：如“学仓”、“直房”、“仓廪”之类的建筑，多位于庙或学的两侧或后部。
明儒朱之瑜(号舜水)于公元1659年(南明永历十三年、清顺治十六年、日本万治二年)亡命日本，初在长崎；后，水户藩主德川光国聘其移居江户(今东京)，待以宾师之礼，舜水学说影响广大。其并允日人之请，绘图制型，传授中国工程设计、农艺知识等，汤岛“圣堂”即按其“学宫图说”建造而成，朱氏的叙事结构为：大成殿-尊经阁-两庑-戟门-大门-明伦堂-钟楼-鼓楼-中军厅-旗鼓厅-学舍-仪门-进贤楼-金鼓亭-射圃-监箭-报鼓-举旗掌号-馔房(实笾所、酒醴所、蒸饎所、鼎俎所、烹饪所、洁牲所)-頖水-棂星门-牌位-孔庙总图-礼器图-启圣宫图-改定释奠仪注。很明显，孔庙布局分别以大成殿和明伦堂为统领，亦即功能与空间两个层面的范围界定标准，尊经阁更以其象征孔子定六经的建筑性格获得了仅次于大成殿的空间话语权。以先论各部分重要建筑再及于次要建筑和空间转换节点(门)的表述方式观之，頖水与棂星门的逻辑顺序在孔庙之后，恰说明了此二者并非专属于“庙”或“学”，而是整个孔庙系统的表征元素。舜水先生生活在明末清初，此时的中国孔庙构成已趋于明显的程式化，“学宫图说”基本明示了这种内在结构。
日人记录的清时县学
(引自：(日)中川忠英《清俗纪闻》卷五《闾学》P310-311)
概括而言，明清以后的地方孔庙建筑配置更为完备，主要分为府、州、县三个等级，相应的规模和标准也依次有所区别；布局图亦繁多，一般为三进院或五进院，平面规整，以纵轴线为主，横轴线为辅，建筑群体均衡对称，并可按环境地势的变化对建筑布局有所变更。地方孔庙的空间布局除主体外，一般有前导和后部两部分：
(清)孔尚任所作曲阜尼山孔庙及书院游观路线
清人孔庙庙制图示
(1)孔庙主殿为大成殿，个别名先师殿，是保留了明嘉靖九年(1530年)所改的名称；殿两侧为东西两庑；前为大成门，有的名戟门，因宋政和元年(1111年)庙门改立二十四戟而得名，个别仍保留明嘉靖时的旧名先师门。
(2)大成门两侧接建乡贤祠、名宦祠，或在大成门前单建，如同东西厢房；大成门前设泮池、棂星门，有的池在前，有的门在前，池上架桥，有的棂星门两侧建有旁门，题作金声、玉振等名称；再前设照壁，照壁题“万仞宫墙”，个别题为“数仞宫墙”。
(3)大成殿后一般设崇圣祠，崇圣祠为明嘉靖九年(1530年)增设的启圣祠所改，属于添建，个别孔庙因地形所限而建在他处。
孔庙中轴线上的建筑差别不大，有的还建有碑亭、礼乐亭等，或是忠义祠、节孝祠、忠孝祠、忠义孝悌祠、孝友祠、节烈祠等附祀建筑，神厨、神库等祭祀活动的准备用房，以及魁星亭、文昌阁等祈祝文运建筑。
孔庙中“学”的部分，“其制则有堂以明伦，斋房以居士，斋夫以供役，学田以养廉，诗书以肄业，祭器以习礼，射圃以观行，月课黜陟以示劝惩，其所以养育而造就之者，靡不详且尽矣。”但不似“庙”部分布局的严格，有一定的灵活性，大多数有南北向轴线，布置儒学门、仪门、明伦堂(讲堂)、尊经阁等主要建筑。一般为明伦堂居中，前部左右设东西厢房，堂后设尊经阁(设于大成殿后亦较为普遍)，堂前设儒学门和仪门(前庙后学布局时一般无仪门)，地方官学只有具备这些建筑，方称得上制度完备。此外还建有斋舍、儒学署和教谕廨(教谕办公的地方，是学校学官)、教授厅(教师办公的地方)、敬一亭、洒扫公所(出现于清，负责卫生清洁的工作人员的办公房和器具室)、会馔堂、库房、射圃亭或观德亭等建筑。
更有甚者如清时大同县学，明伦堂后特建太乙阁一座，实质为道教象征建筑，忝列于学，不知何故。《道光大同县志·图考》不作全局之观，只图像该阁，注曰：“《学宫图》亦各志皆然，第殿阶堂庑戟泮棂星，以及名宦乡贤，凡建学之地皆无异制，可不必图也。……(太乙阁)此间所应有，而非他处所常有也。”在表述太乙阁特殊的同时，尤为重要的是指出了各地孔庙建筑配置的大同小异。
