历史上，相较于陆路交通运输，水运具备运输成本低、运输量大、快速便捷等独特性优势。水运对内可以加强河流沿岸的各府县之间的联络，对外更成为沟通临近水系及区域之间最为重要的交通方式之一。依托水运形成的经济往来，往往伴随文化的传播，这可以从徽州民居文化对赣州城区民居的影响中得到佐证。
明代时期赣江及其主要支流，承载着其流域片区内的主要水上交通运输。到了清代，赣江流域的驿道开发延续明代水运的格局，加以府县之间驿道的发展，各流域内陆运水运交通网络得到进一步完善。除赣江往北直通赣中、赣北外，赣南内部主要分布着五条水系，分别是梅江、贡江、章江、桃江、东江，五条水系哺育着赣南客家人。
赣南水运作用在各流域民居的特征上，也各不相同，呈现出五大区域赣南民居建筑风貌的分布规律与特征差异，依据流域的分布情况，赣南全域大致上可形成五流域的格局。
1、宁都州，梅江流域
包括宁都、石城、瑞金三地，传统建筑风貌特征可概括为：堂高多重檐，砖青常叠涩；脊缓马头墙，精雕阔门楼。该片区客家宗族文化较为浓厚，现存传统民居、祠堂数量较多，在建筑选址、建造上尤其注重风水讲究。
瑞金市九堡镇密溪村罗式大宗祠
片区内建筑空间普遍较其他县高大，建筑建造工艺水平较高，民居正门入口多见门楼形式，完整的砖木结构建筑较其他流域更多，屋脊中墩常见瑞兽等高级式样；马头墙多见五叠翘脊形式，但翘脊起翘幅度不大，在宁都可见陡高翘角，翘角一般多平或稍出墙端，瑞金马头墙端下沿常见斜面收口做法；天井较赣南其他流域稍为宽大，偶见赣中地区典型的“天窗”形式；木雕、石雕、砖雕、灰塑均较为讲究，尤以木雕工艺最为精湛，雕刻样式较多；该流域梁枋、窗扇多有雕花，造型繁复，也与彩绘工艺一道，共同造就了其藻井、卷棚顶的精美。
2、赣州府，贡江流域
包括兴国、于都、赣县区、章贡区（老城区除外）四县区，传统建筑风貌特征可概括为：青砖灰塑红砂岩，镂窗影壁罩门庭。
该片区水运交通相对发达，匠人、材料的流动性较灵活，使得该片区的传统建筑在形制规模、建筑选材上都十分相似。对砖石的运用，使得该流域的建筑独具风貌，兴国红砂岩广泛应用于建筑外墙，如墙裙、门框、外墙转角处、石砌花窗等，于都卵块石常作墙体，赣县青砖，其质地细腻，墙体砌筑水平较他县为高。屋脊中墩造型多样，常见瑞兽、镂空拼瓦等；马头墙翘脊翘幅大，山墙随脊翘起，翘角一般平墙端或稍伸出，兴国可常见翘角飞扬，伸出墙端亦多。
兴国县高兴镇高多村贞节牌坊
该流域窗花样式丰富，用料较其他流域也更为多元，木材、红砂岩、拼砖、拼瓦均可见。梁枋多有雕花，祠堂常见藻井、卷棚顶，工艺较好。该流域灰塑造型较为精美，常见门罩、门廊、脊翘等处，其中以赣县灰塑最盛。
3、赣州府，东江流域
包括会昌、寻乌、安远三县，传统建筑风貌特征可概括为：围屋围拢紧炮楼，砖雕砖土垒厅房。该区域民居以厅屋组合式为主，安远现存少量方围屋，寻乌现存少量围拢屋和炮台民居，且建筑分布较集中。
寻乌县澄江镇周田村王氏周崧公祠
屋脊中墩常见野兽、葫芦等；马头墙多见五叠翘脊形式，翘脊平缓，山墙随脊翘，翘角多平墙端，翘起小；窗花石雕、门楼砖雕图案多样，常见人物故事、花卉虫鸟；梁枋多无装饰，少量精美木雕；藻井、卷棚顶多见于祠堂，形制朴素，百鸟木雕和百兽天棚甚为独特。
4、赣州府，桃江流域
包括龙南、定南、全南、信丰四县，传统建筑风貌特征可概括为：楼高孔密望硬山，门少罩小入围方。
信丰县小江镇山香村
该片区传统民居以方围屋最为典型，现存少量围拢屋。厅屋民居于近代出现较多，层高空间较其他流域低矮，单独的祠堂建筑也较其他流域少见。“三南”地区常见硬山屋顶、人字山墙，多硬山叠涩，马头山墙仅信丰稍多，整体上数量较其他流域为少。该片区建筑墙体常见“金包银”做法，外墙防御性枪眼、炮孔、望孔为该片区围屋特有；“三南”地区和信丰北部地区外门、窗花、梁枋等部位装饰较少，少见藻井、卷棚顶。信丰北部风貌多同赣县、南康等地。
5、南安府，章江流域
包括大余、上犹、南康区、崇义四县区，传统建筑风貌特征可概括为：门楣门簪门榜盛，石柱石础石雕兴。
清水墙
该片区保留了较多的传统民居和祠堂建筑，盛行“门榜”文化，以上犹最为典型，外门处门楣、门簪相当讲究，常用整料石材，并作石雕。该片区现存传统建筑装饰较多，砖雕、灰塑工艺普遍较好，常见石窗、石门框、柱础雕花精美者。该流域多见土木、砖木结构厅屋；马头墙常见三叠、五叠平脊形式，多数脊端加厚微翘，平墙端；梁枋少雕刻，少见藻井、卷棚顶。
