维吾尔建筑秩序既满足伊斯兰文化注重的性别观，保障居住空间的私密，还能顺应荒漠气候环境，防寒避暑，使得维吾尔民族在能源匮乏时期得以生存，实乃宝贵的生态智慧。
维吾尔院落对外封闭，保障住户私密，躲避沙尘侵袭，并抵御夏季的高温和冬季的寒风，对内则开敞通透，通过院落布局，营造舒适宜人的庭院微气候环境。维吾尔民居院落通常依据动静差异、洁污差异划分为五个区域，即入口院门区、主体用房区、屋前区、辅助用房区和种植区。
其中屋前区是紧邻主体用房区的室外场所，通常围合封闭，既防风沙，又可利用建筑高度形成热压，白天促进人体蒸发散热，夜间引进冷风降温，有的屋前区还架设屋顶或种植高大乔木为建筑遮阳降温。种植区与主体用房区通常不设围墙隔断，而是用葡萄架连接过渡，形成室内与室外空间相互渗透，在炎炎夏日发挥绿色植物的遮阳和蒸腾降温作用，为室内外空间提供荫凉。区域划分细化了生活空间的功能分区，同时形成从户外到室内的多层空间过渡，丰富了空间层次，调节了院落微气候。
庭院布局依据维吾尔庭院布局顺应气候变化，依据民居分布区的气候差异，可将维吾尔民居建筑为五类：
（1）高架棚式，以吐鲁番地区为代表。吐鲁番是我国最热的地区，夏季温度极高且烈日曝晒，遮阳庇荫是基本的生存之道。该地区民居的院落呈半封闭状，院落上方架设棚盖，由于该棚高出建筑屋顶1-2m，有时净高达6-7m，因而称为“高架棚”。高架棚的面积很大，往往覆盖了建筑之间的全部空地，为整个生活场所提供荫凉。此外高架棚架设在建筑前檐的柱子上，柱间用土坯砌出镂空的花墙，夏季高架棚顶部的热空气从花墙透出，促使冷空气从果园流入，形成顺畅的热压通风路径，有效降低院落环境温度。
（2）阿以旺式，以和田地区为代表。和田地区位于塔克拉玛干沙漠的西南边缘，干热少雨，风沙频繁。为了避免风沙侵袭，当地民居采用以“阿以旺”为中心的封闭式布局。“阿以旺”从形式上与现代中庭类似，通过将建筑围合的庭院拔高，加屋盖和侧面天窗而成，不仅宽敞明亮、通风良好，并且适于抵御风沙、寒暑的侵袭，是维吾尔人日常活动、接待客人、喜庆聚会、举行歌舞活动的主要场地，也是整个建筑中装饰最华美的地方。
（3）内庭院式，以喀什地区为代表。喀什地区春夏多风沙浮沉天气，但由于绿洲连片成串，与和田相比，风沙渐小，次数亦少，因此完全封闭的阿以旺逐渐被四面围合的无顶内庭院取代，庭院内种植花草树木，搭建葡萄架，还设置苏帕，供人盛夏时节避暑乘凉。由于喀什是维吾尔族先民西迁时留居人数最多的地区，众多城镇和自然村落的人口密集，用地紧张，故庭院平面常顺应基地的形状，不讲求规整，此外建筑竖向发展，下挖地下室或加建楼房，楼上楼下的交通曲折，无固定程式，常在垂直方向上出现多级庭院，形成灵动流通的空间意趣。
（4）开放庭院式，以库尔勒、阿克苏一带为代表。该地区气候与喀什类似，且沙尘甚少，加上此地汉文化气息较浓郁，受河西走廊汉族民居影响，原阿以旺和内庭院空间被开放式庭院替代，建筑平面形式演化为曲尺式、凹字形，均面向花园庭院。建筑单体呈一明二暗的格局，有时扩展为五开间。建筑形象中汉式建筑形态明显，结构为双架、方柱、梁托有枋，装饰上极少运用尖拱，线条简洁。
（5）花园式，以伊犁地区为代表。伊犁地区气候温和湿润、四季分明，夏热而少酷暑，冬冷而鲜严寒气候宜人。院落摆脱了封闭或半封闭的庭院状态，大型花园（或果园）取而代之，形成以花园为主体，建筑呈一字型或曲尺形的开放型花园式格局。建筑空间通过侧窗、外廊与花园呼应，由于天气寒冷，外廊无生活起居的功能，仅作交通之用。
