桑耶寺又名存想寺、无边寺，位于西藏自治区山南地区的扎囊县桑耶镇境内，雅鲁藏布江北岸的哈布山下。
桑耶寺始建于公元8世纪吐蕃王朝时期，是西藏第一座剃度僧人出家的寺院。寺内建筑按佛教的宇宙观进行布局，中心佛殿兼具藏族、汉族、印度三种风格，因此桑耶寺也被称作三样寺。桑耶寺现有50多僧人。
桑耶寺的全名是“贝扎玛桑耶敏久伦吉白祖拉康”，藏文含义为“吉祥红岩思量无际不变顿成神殿”。
8世纪末，时任赞普的赤松德赞笃信佛教，他将印度的两位佛教大师寂护和莲花生迎请至西藏弘扬佛法，并决定为他们修建一座寺院。
据《桑耶寺志》记载，公元762年，赤松德赞亲自为寺院举行奠基，历时十二年建造，到775年终告落成。由于有传说在初建时，赤松德赞急于想知道建成后的景象，于是莲花生就从掌中变出了寺院的幻象，赤松德赞看后不禁惊呼“桑耶”（意为“出乎意料”、“不可想象”），后来就把这一声惊语作为了寺名，于是该寺也就因国王一声惊语而被命名为桑耶寺。
桑耶寺落成后举行了盛大的开光仪式。赤松德赞又从唐朝、印度和于阗等地邀请来僧人住寺传经译经，并宣布吐蕃上下一律遵奉佛教。因此桑耶寺是西藏第一座具备佛、法、僧三宝的正规寺院，在藏传佛教界拥有崇高的地位。
9世纪中叶，吐蕃禁止佛教传播，桑耶寺也遭到封禁。10世纪后期重新开放后，这里遂成为宁玛派（红教）的中心寺院。萨迦派统治时期，对该寺进行过修葺，并派遣僧人住寺，此后就形成了宁玛、萨迦两派共处一寺的局面。
西藏和平解放后，党和人民政府极为重视桑耶寺古建筑和寺内文物的保护工作，曾拨给专款进行维修。1962年，西藏自治区筹备委员会将其列为全区要点文物保护单位；1996年11月20日被列为中国重点文物保护单位。2005年，桑耶寺被评定为国家AAAA级旅游景区。
桑耶寺整个寺庙坐北朝南，寺庙的平面为椭圆形，按佛经中的世界构造进行了布局，似一长形院落，占地面积约2.5万平米。桑耶寺是以古印度波罗王朝在摩揭陀所建的欧丹达菩提寺为蓝本兴建的，虽然后世因为火灾而多次重建，但建筑格局始终保持了初建时的风貌。
整个寺院的布局，是按照佛经中的"大千世界"的结构布局设计而成，是依照密宗的曼陀罗建造的：乌孜大殿代表世界中心须弥山，大殿周围的四大殿表示四咸海中的四大部洲和八小洲，太阳、月亮殿象征宇宙中的日、月两殿，寺庙围墙象征世界外围的铁围山；主殿四周又建红、白、绿、黑四塔，以镇服一切凶神邪魔，防止天灾人祸的发生。围墙四面各设一座大门，东大门为正门。
西藏和平解放后，党和人民政府极为重视桑耶寺古建筑和寺内文物的保护工作，曾拨给专款进行维修。1962年，西藏自治区筹备委员会将其列为全区要点文物保护单位；1996年11月20日被列为中国重点文物保护单位。
