藻井最早可追溯到北魏时期(公元前386-534)的云冈石窟、龙门石窟顶部的石雕莲花。在古人穴居时，顶上开洞以纳光、通光、上下出入，《礼记.礼运》记载：“昔者先王未有宫室，冬则居营窟，夏则居巢。”其外形像个凹进的井，“井”加上藻文饰样，所以称为藻井。
中国古代建筑以木结构建筑为主，防火成为头等大事。据《风俗通》记载：“今殿作天井。井者，东井之像也。菱，水中之物。皆所以厌火也。”东井即井宿，二十八宿中的一宿，古人认为是主水的，在殿堂、楼阁最高处作井，同时装饰以荷、菱、莲等藻类水生植物，都是希望能借以压伏火魔的作祟。魏晋南北朝时期随着佛教的传入，藻井上出现了一些具有西域特色或者佛教风格的新纹饰，穹顶上的符号表现出述说着不同时代的宗教文化。